แม้ว่าแนวโน้มทั่วโลกคือการเปลี่ยนการใช้พลังงานจากแหล่งเชื้อเพลิงฟอสซิลไปเป็นพลังงานหมุนเวียน แต่งานวิจัยและพัฒนาด้านพลังงานเชื้อเพลิงฟอสซิลก็ยังมีความจำเป็น เนื่องจากการปรับเปลี่ยนไปสู่การใช้พลังงานหมุนเวียนยังต้องใช้เวลาอีกระยะหนึ่ง ในช่วงการเปลี่ยนผ่านนี้ เชื้อเพลิงฟอสซิลจะยังคงเป็นแหล่งพลังงานสำคัญและควรใช้อย่างชาญฉลาดและเป็นมิตรต่อสิ่งแวดล้อม

เอ็นเทคดำเนินงานร่วมกับพันธมิตรเพื่อสานต่อและเพิ่มศักยภาพงานวิจัยและพัฒนาด้านพลังงานเชื้อเพลิงฟอสซิล โดยดำเนินงานวิจัยในเรื่องต่าง ๆ ดังนี้ การพัฒนาตัวเร่งปฏิกิริยาเพื่อกำจัดสารมลพิษและปรับปรุงคุณภาพของน้ำมันดีเซล เคมีสีเขียวเพื่อกำจัดสารอันตรายจากการผลิตแก๊สและน้ำมัน การพัฒนาสารดูดซับแบบคัดเลือกเพื่อกำจัดคาร์บอนไดออกไซด์ในแก๊สธรรมชาติเหลว การปรับปรุงผลิตผลพลอยได้จากโรงไฟฟ้าพลังถ่านหิน นอกจากนี้ขอบเขตงานวิจัยยังรวมไปถึงประเด็นเรื่องฝุ่นละอองขนาดไม่เกิน 2.5 ไมครอน (PM2.5) ซึ่งเป็นหนึ่งในประเด็นสำคัญด้านสิ่งแวดล้อมในปัจจุบัน